Er kwamen niet alleen mensen naar de stad om werk te zoeken of om handel te drijven, maar ook om te vluchten uit een ander land. Ze werden daar vervolgd bijvoorbeeld vanwege hun geloof.
Van het Iberisch Schiereiland, nu Spanje en Portugal, vluchtten Sefardische Joden omdat ze werden gedwongen te leven als Christenen. Op het Iberisch Schiereiland was slavernij niet verboden. Joodse families hadden daar vaak slaafgemaakte Afrikaanse mannen en vrouwen in hun huishouding. Die namen ze mee wanneer ze zich in de Republiek vestigden.
In Amsterdam werd er een stuk milder naar het jodendom gekeken en konden ze terugkeren naar het geloof van hun voorouders. Zij gingen voornamelijk wonen in het oosten van de stad, in de omgeving van de Jodenbreestraat.
Vanaf de tweede helft van de 17de was het toegestaan voor joden om in Amsterdam synagogen te bouwen. In 1671 verscheen de Grote Synagoge en in 1675 de Portugese Synagoge, die ook wel Esnoga werd genoemd.
